臺灣原住民族研究之發展一向為「他者」建構下所形成，在殖民知識的霸權之下，一直缺乏較具主體性的知識體系建構。國立東華大學原住民民族學院創立於民國90年8月，為本國培育原住民高等教育人才與菁英所設置，更為臺灣唯一以世界原住民族為教學研究與發展課題的學術機構，其重要任務除了人才培育，更係以臺灣原住民族為主體性來建構屬於臺灣原住民族本位的知識體系為標的。當原住民族以主體經驗做為知識建構的途徑時，我們必須先解讀並解/建構「霸權」與「反霸權」論述，透過挑戰主流論述的價值，進而將以臺灣原住民族為主體位置下所定義與呈現的傳統價值、生態智慧、歷史文化等置入知識的主導地位。綜觀美、澳、紐、加等國之原住民族教育單位與機構均以主體價值引導其在地經驗的原住民族知識體系的建構，因此本院應積極倡導結合原住民學者與其他關心原住民族相關領域議題之學者，以主體價值觀點建構臺灣原住民族研究，並朝向建立屬於臺灣原住民族的知識體系為目標。

      本院自2008年起，在行政院原住民族委員會之鼓勵及贊助支持下，出版《台灣原住民族研究》期刊，旨在網羅以原住民族為主題或主體之科學知識與研究成果，以原住民族為研究對象、研究題材或重心，從政治、經濟、社會、人文、自然等之知識領域與不同學科角度出發，建構在地經驗的原住民族知識體系，本刊至今已發行15卷，配合舉辦年度研討會與發行叢書系列，已出版叢書59本。

       國家圖書館辦理「臺灣學術資源影響力發布會」，本院期刊《台灣原住民族研究》長年榮獲殊榮，詳見以下獲獎一覽表。